Saakašvili mõisteti süüdi ametivolituste kuritarvitamise paragrahvi järgi. Uurijate andmetel lubas Saakašvili 2008. aasta novembris ametivolitusi kuritarvitades Gruusia siseministeeriumi põhiseadusliku julgeoleku ameti juhile anda armu isikutele, kes olid Girgvliani mõrva eest süüdi mõistetud, ning andis 2008. aastal armuandmiskomisjonist mööda minnes oma korraldusega armu Geronti Alaniale, Mihheil Bibiluridzele, Avtandil Altsiaurile ja Aleksandre Gatšavale (kes olid Gruusia siseministeeriumi ohvitserid), luues sellega õigusliku aluse nende ennetähtaegselt tingimisi vabastamiseks, vahendab TASS.

2014. aastal esitas Gruusia peaprokuratuur Saakašvilile Girgvliani kohtuasjas süüdistuse. Uurijate andmetel panid siseminister Vano Merabišvili, Saakašvili ja mitmed ametiisikud 2006. aastal koordineeritud ja kooskõlastatud kuritegeliku plaani järgi toime kuriteo varjamise, juurdluse võltsimise, kuriteos osalenud kõrgetasemeliste isikute varjamise ja vastutusest kõrvalehoidmisele kaasaaitamise.

Saakašvili lahkus Gruusiast 2013. aastal mõni päev enne presidendivolituste lõppemist ning on pärast seda elanud USA-s ja Ukrainas. 2014. aastal esitati Saakašvilile Gruusias süüdistused arveteõiendamises 2007. aasta 7. novembri meeleavaldusest osavõtnutega, õigusvastases tungimises telekanali Imedi hoonesse, ärimees Badri Patarkatsišvili vara ebaseaduslikus omastamises, parlamendi liikme Valeri Gelašvili ründamise korraldamises 2005. aastal, pankur Sandro Girgvliani mõrva uurimise takistamises ja riigi varade raiskamises aastatel 2009-2012.

2015. aasta mais sai Saakašvili Ukraina passi ja sama aasta detsembris võeti talt Gruusia kodakondsus ära. 2017. aasta 26. juulil jättis Ukraina president Petro Porošenko Saakašvili ilma ka Ukraina kodakondsusest.